种子消毒是防除由种子传染的水稻恶苗病、稻瘟病（苗瘟）等病原菌的主要措施。浸种是使水稻种子吸足水分，促进生理活动，使种子膨胀软化，增强吸呼作用，使蛋白质由凝胶状态变为溶胶状态，在酶的作用下使胚乳贮藏的物质转化为可溶物质，并降低种子中抑制发芽物质的浓度，把可溶物质供幼芽、幼根生长。种子发芽前的吸水过程，分为急剧的物理学吸胀过程和缓慢吸水和生物化学过程两个阶段。前段吸收了种子发芽所需要的水分；后段进行酶的活化、运送等生物化学变化，吸水比较缓慢。

 种子吸水快慢与温度呈正相关，浸好种子需要活动积温85-100℃。但温度不宜过高，在适宜的温度（11-12℃）条件下浸种，吸水均匀，消耗物质少，萌动慢、发芽齐，有利于培育壮秧。种子吸水达到本身重量的25%时即可发芽，达到30%时即呈饱和状态。浸种时每天要调换上下种子袋位置，沥于通气。值得注意的是烘干的种子由于含水量低，含水量不匀，种皮透性差等原因吸水慢，在浸种前先进行晒种，然后在11-12℃低温条件下浸种，时间要比正常浸种催芽时间长2-3天，必须浸透后再催芽，否则，催芽慢而不整齐，甚至人催不出芽来，积极推广保温浸种棚浸种。